接下来我们对方法论作第二个层面的展开。从哲学的角度来看，研究的对象是什么呢？研究的对象在本质上是因果关系。那么什么叫因果关系呢？因果关系本身需要一个严密的定义。
以我个人的体会来看，因果关系是对一个封闭的系统而言的，我们可以观察到它的输入，也可以观察到它的输出。假设一个封闭系统，我们把它隔离起来，它有100项输入，我们可以看到输入，也可以看到输出。当这个封闭系统的99项输入都不变，只有1项输入在变化，这个输入的变化导致输出层面产生了变动，我们就说这两个现象之间存在因果关系。
之所以要对因果关系作这样一个密实的定义，是因为下面我要讲到隔离和可控。我举几个例子。
第一个例子，在牛顿时代，牛顿本人研究了很多的现象，研究了光线色彩的构成，研究了潮汐，研究了地球围绕太阳运动和月亮围绕地球运动等等。但是如果我们去看牛顿理论本身，以现代的眼光来看，这是一个奇迹。这个奇迹并不只是说他在数学和科学上多么了不起，而是说他研究的因果关系是容易隔离的。
地球与太阳之间的相互作用，不依赖于太阳是由什么样的元素组成的，不依赖于太阳的表面温度是多少，不依赖于太阳本身的密度有多大，只依赖于太阳的质量和太阳与地球之间的距离，而太阳很多其他的属性，都是可以屏蔽和隔离开的。这本身是个奇迹，使得我们在研究地球和太阳相互运动的时候，可以忽略太阳的物理构成，但是依然可以把两者的作用关系理解得非常清楚。
我举这个例子是想说，物理学研究的世界在原则上是可以隔离的。你可以把太阳的很多属性隔离掉，但是仍然把这个系统研究得很清楚。
当人们在研究更现实的物理理论的预测时，进行的都是可控试验。比如说伽利略，让两个铁球，一个20斤，一个10斤，从同样的高度坠落，人们看到它们同时落地。这本身是可控试验。可控试验意味着你可以严密地控制输入。或者在研究天体物理学的时候，并不是可控试验，但是这个世界的研究在方法上、原则上，居然是可以隔离的。这使得在研究因果关系的时候，研究过程变得相对容易。
为什么经济学的研究在这个层面上非常难？为什么生物学的研究，特别是关于人体的研究，非常难？为什么现代医学的研究非常难？因为这些系统在原则上、方法上是很难隔离的。它不能够像研究地球与太阳的运动一样，把太阳的表面温度隔离掉。
比如在生物体的层面上，一个普遍的现象叫“代偿”，就是说如果你某一项生物机能非常地不发达，一定有另一项生物机能非常地发达。“代偿”很可能跟漫长的进化过程中的竞争有关系，但是它非常清楚地表明人体在研究上是很难简单隔离的。一个系统的调整在另一个系统之中会引起非常复杂的反应，这些反应又会反过来影响你原来研究的这个问题，而且这些过程本身很难理解清楚。
在研究这些体系时，简单隔离法和可控实验法是很难操作的。
光线是可以弯曲的（全）：1，2，3，4，5，6，7，8，9，10
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